- Departament Techniki
- Departament Certfikacji i Oceny Zgodności
- Departament Innowacji i Rozwoju
- Centralne Laboratorium Dozoru Technicznego
- Departament Administacji i Infrastruktury
- Departament Informatyki
- Departament Finansowy
- Departament Kadr
- Departament Prawno - Organizacyjny
- Zespół Ochrony Informacji Niejawnych
- Zespół Bezpieczeństwa i Higieny Pracy oraz Ochrony Przeciwpożarowej
- Zespół Kontroli i Audytu Wewnętrznego
- Oddziały terenowe
- Oddział terenowy z siedzibą w Gdańsku
- Oddział terenowy z siedzibą w Katowicach
- Oddział terenowy z siedzibą w Krakowie
- Oddział terenowy z siedzibą w Lublinie
- Oddział terenowy z siedzibą w Łodzi
- Oddział terenowy z siedzibą w Płocku
- Oddział terenowy z siedzibą w Poznaniu
- Oddział terenowy z siedzibą w Szczecinie
- Oddział terenowy z siedzibą w Warszawie
- Oddział terenowy z siedzibą we Wrocławiu
Organizację wewnętrzną i szczegółowy zakres zadań komórek organizacyjnych określa regulamin organizacyjny nadany przez Prezesa UDT.
Przy Prezesie UDT działa Kolegium UDT. Kolegium UDT jest organem opiniodawczo-doradczym Prezesa UDT w zakresie przygotowywania projektów rozwiązań służących realizacji oraz zwiększaniu efektywności i jakości działań UDT, określonych w art. 37 ustawy.